מספר בתי חולים הבהירו כי לא מאושפזים אצלם מחבלים: בית החולים ברזילי באשקלון; בית החולים אסותא באשדוד; ובבית החולים איכילוב בתל אביב, שם מחבל שפונה לבית החולים על ידי מד"א לא נקלט במיון. לדבריהם, הוא פונה לבית החולים בטעות, אולם נבדק על ידי רופא בכיר באמבולנס מחוץ לכותלי המיון והופנה בהתאם להמשך הערכה ליעד הפינוי המתאים בשב"ס, שאמון על הטיפול בכלואים.
שר הבריאות משה ארבל כתב לרה"מ בנימין נתניהו להנחות באופן מידי את צה"ל ושב"ס שלא להפנות מחבלים למערכת הבריאות הציבורית. "מאז תחילת הלחימה, סוגיית הטיפול במחבלי החמאס הארורים והנתעבים במסגרת בתי החולים הציבוריים מערימה קושי אדיר על מערכת הבריאות", כתב. "בשעות קשות אלו, מערכת הבריאות צריכה להתמקד באופן מלא בטיפול בנפגעי הטבח הנפשע, בחיילי צה"ל ובמוכנות לקראת הבאות". נוהל חוזר מנכ"ל קובע כי בעתות לחימה יש לרכז את המחבלים הפצועים במתקן אחד ייעודי ומאובטח, וללא ערבוב עם פצועים נוספים.